Après une formation à la Faculté des lettres d'Aix-en-Provence, aux Ateliers d'Antoine Vitez au Théâtre des Quartiers d'Ivry, il obtient le diplôme de l'Ecole Internationale Jacques Lecoq à Paris. Il intègre la compagnie Philippe Genty avec laquelle il créé plusieurs spectacles au Théâtre de la Ville et tourne en France et à l'étranger pendant 8 ans. Il est également comédien au Théâtre de la Jaquerie, au Théâtre de la Sébille, au Théâtre Ecarlate, et suit des stages professionnels avec Maurice Bénichou, Feldenkreis et le chorégraphe Yano Hideyuki avec lequel il part en tournée au Japon.
Au Théâtre du Rond Point, chez Jean-Louis Barrault, il est comédien marionnettiste, jusqu'en 1986, date à laquelle il crée la compagnie Nada Théâtre avec Babette Masson.
De nombreuses créations jalonnent la vie de la compagnie : Grandir et Effraction, coréalisés avec le Théâtre Ecarlate de 1986 à 1989, Ubu en 1990, Hänsel et Gretel en 1992, Capitaine Bada en 1992, Marie Stuart en 1996. Implanté au Centre Culturel Boris Vian (Les Ulis), le Nada Théâtre en prend la direction de 1997 à 2005 menant de pair programmation et animation du lieu avec les productions de la compagnie.

En 2006, Jean -Louis Heckel s'installe à Pantin dans un lieu de fabrique qu'il baptise La Nef - Manufacture d'utopies, dédié à la marionnette, au théâtre d'objet et à l'écriture contemporaine. Il fonde la compagnie La Nef, avec laquelle il créé plusieurs spectacles parmi lesquels Profession : Quichotte (2007) et La Grande Clameur (2009).
Jean-Louis Heckel est responsable pédagogique de l'Ecole Nationale des Arts de la Marionnette depuis 2004.